Dell’antica chiesa del 1271 rimane solo il ricordo. Infatti, il 22 settembre del 1419, giorno di S. Maurizio, tra le 9 e le 10 del mattino, una tremenda alluvione investiva la zona a sud della città. L’ospedale e la chiesa furono spazzati via dalla furia delle acque con altre sette case vicine. Molte le vittime: ben 400, dicono le cronache, compreso il sacerdote che officiava all’altare. L’iscrizione sulla parete destra, sopra l’ingresso della sacristia, ricorda queste tre date: 1271 (fondazione della chiesa), 1419 (distruzione), 1483 (riedificazione).

Eccone la traduzione integrale:

Nell’anno del Signore 1271 l’ospedale dello Spirito Santo fu fondato e costruito qui in Merano dall’illustre principe e signore Mainardo, conte di Tirolo e di Gorizia, e dalla signora Elisabetta sua consorte. In seguito, nell’anno di Nostro Signore 1419, venerdì, festa di S. Maurizio, nelle Tempora (d’autunno), tra le nove e le dieci, venne un’alluvione dal lago in (Val) Passiria e distrusse lo stesso ospedale e la città di Merano, e perirono innumerevoli persone. Dopo di ciò si riprese la riedificazione di questo ospedale con la chiesa, (che), con l’aiuto dell’eccellentissimo principe d’Austria (Sigismondo) e con buona diligenza, fu compiutamente costruita nello stato attuale, mentre correva l’anno del Signore 1483.

Dopo la completa distruzione del 1419, la nuova chiesa dello Spirito Santo, benchè ricostruita nello stesso posto, non ebbe più a soffrire alcun danno. Al corso del Passirio era stata apportata una correzione e nuovi argini, alquanto più robusti, contennero almeno in quel punto la furia delle acque, che, precipitando a valanga fra le difese meridionali della città e la chiesa dello Spirito Santo, dilagavano verso l’Adige, devastando i terreni coltivati di Maia. Sempre gravissimi i danni nelle campagne e sempre angosciose quelle giornate, e le intere notti, passate (dome riferiscono le cronache) sulle mura, che correvano allora dalla Porta Bolzano (in piazza della Rena) fino alla Porta di Val d’Ultimo che sorgeva all’altezza dell’attuale piazza del Teatro, a cercar disperatamente di attutire, con grandi fasci di tronchi calati dagli spalti, l’immane urto dei detriti.

La ricostruzione della chiesa fu condotta speditamente: “mit gutem Fleiss” (con alacre diligenza). Il 24 agosto 1431, festa di S. Bartolomeo, il vicario generale del vescovo Alessandro di Trento poteva consacrare, anche se incompleta, la nuova chiesa, fissando perciò come festa annuale della dedicazione la prima domenica dopo S. Bartolomeo.

In quella stessa occasione fu dedicato un altare a Tutti i Santi, mentre un altro altare in onore di Maria e dei Santi Giacomo e Giorgio venvia dedicato il 14 settembre 1433. L’altar maggiore in onore dello Spirito Santo verrà consacrato dal delegato del vescovo Giorgio di Trento soltanto il 31 maggio 1450.

Non più tardi del 1431, la chiesa doveva essere completa, anche se con copertura provvisoria, almeno di pavimento e pareti. Le sue strutture architettoniche fioriscono perciò in pieno periodo tardogotico, e di quest’epoca artistica manifestano infatti caratteri evidenti, anche se armonizzati in un insieme di elegante originalità.